Programmas mērķis ir zinātniski pamatotu jaunu atziņu izstrādāšana par latviešu valodu, Latvijas vēsturi un kultūru, lai attīstītu humanitāro zināšanu jomas, kas veido nācijas vienotību un kultūras identitāti, aizstāv cilvēciskās pamatvērtības, un dara ar kolektīvās atmiņas un nākotnes redzējuma palīdzību.

Programmas uzdevumi, kas tiks izpildīti projektos, ir daudzveidīgi:

1. nacionālo kultūras vērtību saglabāšana un krāšana, izpēte un interpretācija, Letonikas fondu modernizācija ar datortehnoloģiju palīdzību;
2. Latvijas vēstures politiski aktuālās tematikas izpēte, lai sniegtu padziļinātu, precīzu un pareizu interpretāciju par Latvijas valstij un sabiedrībai svarīgiem pagātnes notikumiem, par kuriem mūsdienu ideoloģiskajās diskusijās tiek izvirzīti pretrunīgi, nereti pat naidīgi viedokļi;
3. Latvijas vēstures fundamentālo un mazpētīto jautājumu risināšana, tajā skaitā pētījumi arheoloģijā, etnogrāfijā, 20. gs. vēsturē;
4. pētījumi par latviešu valodas politiski aktuālo tematiku, tajā skaitā par latviešu valodas saistību ar sabiedrības integrācijas procesiem;
5. latviešu valodas leksiogrāfiskā, areālā un struktūras izpēte;
6. pētījumi par Latvijas humanitārās domas, sociālo ideju, reliģiskās pieredzes un filozofijas attīstību Eiropas kultūras kontekstā;
7. aksioloģisks skatījums uz Eiropas vērtībām Latvijas kultūrā sākot no apgaismības līdz pat zināšanu sabiedrības veidošanai 21.gs.;
8. Latvijas kultūras identitāšu veidošanās analīze, kultūras identitāšu izpausme dažādos Latvijas reģionos, tajā skaitā Kurzemē un Latgalē;
9. folkloras, tradicionālās kultūras, latviešu literatūras, mākslas, arhitektūras analīze un interpretācijas;
10. zinātnisko pētījumu publicēšana Letonikas tematikai veltītos enciklopēdiskos izdevumos, monogrāfijās, rakstu krājumos un zinātniskos žurnālos;
11. Letonikas pētījumu programmas realizācijas gaitā iegūto zināšanu un atziņu popularizēšana, izmantošana humanitārās izglītības sistēmas pilnveidošanai, ieteikumu izstrāde valsts pārvaldes institūcijām, ekspertīzes par Letonikas tematiku;
12. Letonikas ideju popularizēšana Eiropā un pasaulē;
13. Letonikas kongresu sagatvošana un norise.